La chiesa viene costruita nel 1630 per volere della principessa Giovanna Isfar et Corilles, in concomitanza con il convento dei padri Mercedari annesso alla chiesa.
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Nell’ottobre del 1612 Blasco Isfar s’incontrò ad Agrigento con padre Fra Miguel delle Piaghe, che aveva fama di essere un sant’uomo, e rimase così colpito dalla sua religiosità, che gli promise una rendita annuale e tutto l’occorrente per fondare un convento con annessa una chiesa nella sua baronia. Dopo qualche perplessità, per intercessione del vescovo don Vincenzo Bonincontro Fra Miguel si trasferì a Cattolica e iniziò la costruzione del convento e della chiesa dell’Immacolata Concezione della Madre di Dio (odierna chiesa della Mercede).[1] Francesco, dopo aver ricevuto l’investitura della baronia, si era trasferito a Salerno, la città dove trovò la morte in circostanze misteriose. Blasco aveva continuato ad amministrare il paese e ricevette il 27 marzo del 1615 da Filippo III il titolo di duca e 1’elevazione della baronia di Cattolica a ducato, dietro pagamento della somma di 12.000 ducati.
Nel settembre del 1615 il duca Blasco Isfar et Corilles morì a 65 anni e fu sepolto a Palermo nel Pantheon di San Domenico, in un sarcofago che si trova al centro della parete destra. Il sarcofago, in prezioso marmo nero, fu fatto erigere dalla figlia Giovanna per seppellirvi degnamente entrambi i genitori. Ai lati del sarcofago, sorretto da due leoni, sono incisi gli stemmi di famiglia Isfar, Corilles e Del Bosco.
Il primo ottobre del 1616 il titolo di duchessa fu ereditato da Giovanna Isfar et Corilles, la quale si era sposata nel 1609 con Don Vincenzo Del Bosco, Duca di Misilmeri, primo Conte di Vicari, Barone di Prizzi e Palazzo Adriano, Straticoto di Messina, Cavaliere del Toson D’oro, Pretore di Palermo (1652-1654) e uno dei dodici Pari del Regno.
La principessa Giovanna abitava a Palermo nel palazzo Bosco di proprietà del marito. Per un lungo periodo soggiornò a Cattolica nella casa baronale (odierna Biblioteca Comunale) e trovò in don Vincenzo Ingraudo, primo parroco, facente funzioni d’arciprete, originario di Montallegro, un validissimo sostegno. Dal 1616 al 1630 furono ultimate o costruite ben cinque chiese: Madonna della Pietà, Madonna delle Grazie, Sant’Antonio Abate, Sant’Isidoro e Maria Santissima della Mercede (dedicata all’Immacolata Concezione Madre di Dio). La costruzione di quest’ultima chiesa, iniziata nel 1614, era stata affidata dal barone di Cattolica a fra’ Miguel delle Piaghe, famoso predicatore del tempo. In seguito alla morte di Blasco, la costruzione della chiesa era stata interrotta da don Vincenzo Del Bosco, il quale non intendeva onorare l’oneroso impegno, preso dal suocero con fra’ Miguel, di versare la somma di 500 ducati annuali.
Con la sua morte cessò tutto, perché la figlia che lo succedette si sposò con don Vincenzo Bosco, duca di Misilmeri, e non solo non stette ai patti descritti nel testamento del padre, ma si oppose, non tenendo conto che suo padre l’aveva preferita come erede. I Giudici accettarono che la figlia fosse dichiarata erede al posto del figlio maschio legittimo. La Signora smise di pagare la rendita per molto tempo e impedì al Duca suo marito di proseguire l’opera che il suocero aveva cominciato.
Negli anni seguenti si arrivò a un compromesso e la principessa Giovanna onorò la promessa fatta dal padre, donando ai frati scalzi quanto promesso. In questo modo negli anni 1630-1636 fu portata a termine la costruzione della chiesa dedicata alla Madonna della Mercede, dove fu tumulata la salma di Francesco. Questo fatto è stato riferito anche da don Giuseppe Castronovo.
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